高新技术企业认定申报过程中，针对不同行业及企业的特点，灵活建立知识产权、人力资源、财务、成果转化、产学研及研发管理体系，不仅对于高新技术企业的认定具有重要作用，同时也能促进企业的发展。

第一，建立知识产权体系

   认定条件要求企业要对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权。在高新技术企业认定申请时，更对企业自主知识产权获得情况有严格的规定。这要求进行高新技术企业认定咨询工作时，中介服务机构就要协助企业建立知识产权体系，建立企业知识产权战略。主要包括：
1.协助设立专门的知识产权管理机构；
2.通过对现有技术的检索和分析，协助企业确定研究开发方向，使企业的知识产权在先进的技术基础上发展，始终保持先进性，避免重复研究，浪费资源 。

第二，建立人力资源体系

   认定条件要求研发人员占企业当年职工总数比例要在10%以上。这就要求企业要建立人力资源体系，要对企业的人力资源进行规划，通过专业化、系统化的人力资源服务，满足公司和员工发展的需求。

第三，建立科技财务体系

   认定条件要求企业研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合要求。这就要求企业要对每一个研发项目在财务上设专帐管理，形成规范的科技财务管理体系。进行高新技术企业认定咨询工作时，要协助企业建立完善企业科技财务风险评价体系，保证企业健康、快速发展；要按照标准建立完善的科技财务管理体系，降低企业申请科研项目资金的难度与风险。

第四，建立科技成果转化体系

   科技成果转化能力是衡量企业是否达到高新技术企业认定条件的重要衡量指标。在进行高新技术企业认定咨询工作时，要协助提高企业的技术开发和科技成果转化能力，保障企业科技成果不断实现商品化；协助企业的科技成果转化获得专业的鉴定和评价，利于该成果的推广。

第五，建立立项与产学研管理体系

   协助企业做好项目规划与定位，满足企业可持续发展需求；做好立项评估，注重立项管理，建立制度保障使风险可控；要促使企业借助外力，突破技术难题，推动企业进行科研立项，推动企业获得政策和政府资金支持。

第六，建立研发机构及管理体系

   要协助企业设立研发机构，促进和加强企业产学研合作，加速技术渗透，提高企业科技成果转化能力，解决企业研发过程中的工艺、装备、测试、标准及产品质量等问题；要协助企业组建高素质的研究开发、工程设计和实验的专业科技队伍，保障企业的持续竞争力；要提高企业技术水平和创新能力，实施专利、人才、技术标准战略，提高企业参与国际、国内市场的竞争能力。